万历皇帝的棺材由金丝兰木打造，本来就是文物，而在开挖时，当时的理念并未将此当做文物对待，被暴力拆开后当做垃圾扔至山沟中，当文物工作者反应过来时，回山里寻找却已不见踪迹，很可能被村民捡回家做了柴火或者家具。现在陈列于定陵地宫的棺材也是后期由水泥重建的。1966年这个特殊历史时期，定陵被称为“牛鬼蛇神”遭到批斗，万历皇帝和两位皇后的尸骨皆被焚毁，这使得吴晗本欲研究万历皇帝生前是否吸食大麻的项目破产。
历史意义
定陵的开挖带来的文物损坏是考古界和历史界的一大悲剧，但对于历史研究也产生了一定的意义。万历皇帝是出了名的二十余年不上朝而饱受诟病，在史料中万历皇帝主要是由立储问题引起，但经过定陵的挖掘，专家发现了万历皇帝患有严重腿疾，这也为万历皇帝不上朝的原因找到了另一个方向的突破口。
与此同时，万历皇帝的陵墓中只有两樽皇后同葬，左右两侧的配殿空空如也，并未葬入万历皇帝的爱妃郑贵妃，这与《明史》中百官阻止郑贵妃葬入定陵的记载是一致的。因而也印证了明朝的政治体系中，皇帝是比较憋屈的，正如《万历十五年》里说到的，连立储都受大臣们的拼死抵制，万历皇帝也是生的伟大，死的憋屈。
其次，虽然文物氧化严重，但其中展现出了我国古代高超的工艺水平，甚至是失传至今都无法复制。万历皇帝棺椁中.出土的金冠是用518根直径0.2毫米的细金丝手工编织，质地均匀，疏密一致，二龙戏珠样式中的龙首、龙身、龙爪均是独立制作，但丝毫看不出焊接痕迹。织造龙袍所使用的缂丝技术失传已久。据史料记载，朱元璋开国之时，生活俭朴，由于缂丝工艺复杂，造价高昂，人工制作最快也只是一日一寸，制作一件缂丝长衣需要数年之久，故而朱元璋下令严禁缂丝制作服饰。直到明宣德年间，缂丝才在皇室奢侈之风下重现世间，而万历皇帝的衮服不仅由缂丝制作，且需要加上孔雀羽、真金丝线等工艺，算是无法完全复刻的绝世孤品。
与此同时，定陵开挖过程中的惨痛教训，也进一步提高了我国对于帝王陵墓保护的力度，在此之后，郭沫若提出开武则天墓时，被一口否决，并由国家做出明确指示，即“十年内不开皇陵”。
综上所述，定陵的开挖对于我国考古界和历史界是一个前车之鉴，在技术条件尚未成熟时，不应对古代陵墓进行开挖，这也是我国目前明确测定出一些帝王陵墓却不加开挖的原因，正是这个前车之鉴，也才有利于我国对于古代文物以及历史遗产的保护。