首先，对于康有为一贯提倡的尊孔保教论，他由模糊的怀疑转为明确的反对。康有为把孔子学说拔高到宗教的地位，梁启超则认为孔子学说不是宗教。孔子学说讲求伦理道德，治国安邦，是一种积极进取的学说，是入世，而不是出世。孔子本人也不是宗教家，对灵魂、鬼神采取一种怀疑乃至敬而远之的态度。梁启超进一步认为，把孔子学说无限上纲，会对现实生活产生深远的危害，最主要的是束缚国民思想。他认为保教之说是拿近世的新学新理来缘附孔子，这是爱孔子，而不是爱真理。
其次，对于康有为一向坚持的托古改制，梁启超也渐渐视为陈词滥调。托古改制学说是康有为在戊戌变法时期着力宣扬的理论，也是他呼吁君主立宪的理论基础，梁启超早年对这一学说曾津津乐道。到日本后，梁启超抛弃了这种站不住脚的论断，“启超自三十岁以后，绝口不谈伪经，亦不甚谈改制，而其师康有为大倡设孔教会，定国教祀天配孔诸议，国中附和不乏，启超不谓然，屡起而驳之”（《清代学术概论》）。
第三，对于康有为自视甚高的《大同书》，梁启超也不以为然。梁启超认为所谓乌托邦式的“大同”，实际上是西方的世界主义，是一种理想，可施于未来，而中国的现状岌岌可危，讲大同于事无补，不如提倡讲现实的国家主义。梁启超晚年曾说：“中国思想之痼疾，确在‘好依傍’与‘名实相淆’，若援思想，而必自谓出孔子；康有为之大同空前创获，则思想终无独立自由之望，启超盖于此三致意焉，然持论既与其师不合，康、梁学派遂分。”
从康有为和梁启超两人的性格和治学精神来看，两人学术思想的分家是必然的。首先，康有为为人固执，他的学术体蠙n尚谓显纾院蟛辉赣兴囊祝�“有为常言：‘吾学三十已成，此后不复有进，亦不必有进’”。而梁启超则不然，他善于学习，易于接受新思想，学问突飞猛进的梁启超与墨守成规的康有为之间的差异，随着时间的推移越来越明显。其次，梁启超长期跟随康有为，对康有为为人为学的短处洞若观火。梁启超在批评其师的缺点时曾说：“有为以好博好异之故，往往不惜抹煞证据或曲解证据，以犯科学家之大忌。”梁启超到日本后新学得科学主义，大有青出于蓝之势，对他老师的武断越来越不能容忍了。最后，梁启超反对治学“好依傍”与“名实相混”，而康氏学说似乎二者均占。二人学术上的分歧越来越大，最终造成康梁学派的分家。
二、政治信仰的乖异
梁启超在戊戌变法前后，秉承其师衣钵，在保持君主政体不变的大前提下，着力宣扬变革。到日本后，他接受了大量西方先进思想，促成了他学术思想的转变，并带动了他政见的改变。他创立新民说，大力提倡自由主义，认为自由是天下的公理，人生的要具。而康有为却对自由二字深恶痛绝。梁启超认为兴民权是启迪民智，祛除奴隶性的必要手段。康有为认为当日之急务在于开民智，但与此同时又不能提倡兴民权，否则会天下大乱。
二人最大的政见不同还在于救国之路是革.命还是改良上。康有为始终抱着他的公羊三世说不放，认为历史必须沿着据乱、升平向太平世演进，相应的政体只能是君主专制、君主立宪和民主共和，不可“躐（liè）等”（不按次序）。而梁启超则思想日益激进。1899年，康有为去美洲后，梁启超与孙中山的关系日益密切，倾向革.命，酝酿两派联合。此事被康有为拆散后，梁启超专心发动自立军勤王起义。起义失败后，受好友唐才常被杀的刺激，梁启超又倾向革.命。同时梁启超阅读了资产阶级思想家的大量著作，思想激荡，卢梭的《民约论》对他影响尤大，认为是最适合医疗中国之病的良药。他抛开了维新变法理论，转而主张“破坏主义”、革.命排满等激进思想。在给康有为的信中，明确提出应该搞“民族革.命”。康有为又惊又怒，在公开的场合，他著文荒谬地把印度亡国的原因归结到各省的自立上。在私下里，他给梁启超写了数以万字的信函，一方面痛诋梁启超，一方面继续兜售他的革.命恐怖论。梁启超表面上屈从于康有为的压力，实际上仍坚持自己的主张，“惟言革事，则至今未改也。……问诸本心，能大改乎？”