1629年12月1日（阴历，下同），大明蓟辽督师袁崇焕下狱。但9个月之后，即1630年8月以“通虏谋叛”、“擅主和议”、“专戮大帅”的罪名“磔（zhé）”死（《明史》）。是什么原因促使崇祯动了杀心？流传最广的就是：1629年11月28日，皇太极玩儿了反间计，让两个清军将官在关押着两个明朝太监的帐篷前说话，言袁督师已和皇上（皇太极）说好，准备里应外合攻取北京城。然后有意放跑那两个太监。结果崇祯皇帝听信太监传言，杀了大明栋梁袁崇焕，最终导致江山易主。整个故事令人扼腕长叹，痛惜不已，这个说法直到现在还相当有市场。
从这个故事情节来看，简直就是《三国演义》“蒋干盗书”的翻版。袁崇焕下狱当天，面对朝臣和社会各种言论，崇祯皇帝诏曰：“解任听勘”，即停职再看。看得出，崇祯当时并不想杀袁崇焕。如果，他真的中了反间计，自然没有再看的必要，更不可能在一片喊杀袁崇焕声浪中让老袁再活9个月。如果崇祯真的那么好糊弄，也绝不可能在刚刚即位不到半年，就干净利落地收拾掉权倾天下的阉檔，结局只能是一个窝囊废、傀儡。
朝鲜《仁祖实录》八年二月丁丑载：朝鲜的使者朴兰英到沈阳，满清的王公当着他面互相“耳语”，说袁经略果然和我们同心，只可惜事情败露而被下狱。这样重大的事情，怎会当着外国使臣的面而互相耳语，故意让他听到？朴兰英明白他们的用意，只不过想借他而传言到明朝去，以便尽快杀了袁崇焕，所以他在给朝鲜国王的奏章中说：“此必行间之言也。”连朝鲜君臣都不相信的事，何以明朝人信而不疑？
这里提及一下，在满洲八旗各级将领手中，确实有《三国演义》，他们就是这样普及军事理论的，没办法，八旗将领几乎都是文盲，看不懂《孙子兵法》。能编出这么一出反间计，看来确实是《三国演义》看多了。但这样一来，崇祯无形中被贬低，袁崇焕再被无限拔高，清朝取代明朝就成为天经地义之事。
那么，崇祯皇帝到底因为什么非要杀袁崇焕？
一、违反了朝廷关于边帅不得结交近臣的制度
为了防止类似西汉“七国之乱”、唐朝“安史之乱”一类教训不再重演，明朝对于藩王、边境统兵将领的管理有一套严格规定。其中就有边境统兵将帅不得交结内臣，这是一条高压线。一旦撞线，杀无赦。
袁崇焕下狱后，民间、官方都是一片杀袁声浪，理由就是袁崇焕通敌。
1629年12月7日，御史高捷弹劾大学士钱龙锡与袁崇焕互相勾结，证据是一份关于二人密谈平辽方略笔录，也不知二人密谈的话外人是如何知道的，钱龙锡被迫辞职。（方崇焕在朝，尝与大学士钱龙锡语，微及欲杀毛文龙状。《明史-袁崇焕传》）此后，关于袁崇焕更多的黑材料被源源不断报上来。崇祯帝不为之所动，可见，他是一个很有主见的人。
1630年8月，山东道御史史范上本，弹劾钱龙锡收受袁崇焕数万两白银，连银子放在哪里，都说得一清二楚。联想到袁崇焕昔日上折子要求在宁远为魏忠贤修生祠之事，这下也不由皇帝不信了。当时的朝臣有几人不收银子？但收谁的都可以，就是不能收边关将帅的。完了，就是这道奏折把袁督师送上断头台。
1630年8月16日，崇祯帝在紫禁城平台，召集内阁、六部、都察院、大理寺等部门人员召开公判大会，在皇帝询问各方意见且无人发言的情况下，对袁崇焕作出了缺席审判，由大明天子朱由检做出终审判决：“依律，凌迟。”