袁崇焕被凌迟那天，刑车所过之处，人山人海。京城民众无不唾骂，但袁崇焕毫无惧色，他被五花大绑，押赴西市刑场。“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊”，袁崇焕卒年四十七岁。（《石匮书》）。
在朝廷上下一片杀袁之声中，其实背后隐藏的是一场权力之争。主角就是周延儒、温体仁、钱龙锡、成基命等几位大学士，争夺目标：内阁首辅。袁崇焕不幸被当成道具，与其说袁崇焕死于制度，不如说死于宫廷斗争更贴切。
二、为己巳之变的开脱责任
在领导取得宁远、宁锦大捷之后，袁崇焕不可多得的军事才能得到明、后金双方公认。“崇祯元年（1628年）四月崇祯任命袁崇焕兵部尚书兼右副都御史，督师蓟、辽，兼督登、莱、天津军务。七月袁崇焕入都，十四日崇祯帝召见平台。袁崇焕慷慨陈词，计划以五年时间恢复辽东，并疏陈方略，皇帝大喜，袁崇焕复奏掣肘，袁崇焕奏曰‘以臣之力治全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里。嫉能妒功夫岂无人？即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱岂臣谋’。二十四日崇祯赐崇焕尚方宝剑，便宜行事。袁崇焕疏谢并陈方略,崇祯赠蟒玉银币,崇焕辞莽玉不受。”（《崇祯纪事》）
可见，为了平定辽东，崇祯帝对袁崇焕寄予了很大的期望，真是做到了要钱给钱、要人给人、要权给权，听任袁崇焕逾越职权杀皮岛总兵毛文龙。但命运却给这位恨不得一夜改变大明命运的年轻皇帝开了个大玩笑。
崇祯二年即天聪三年（1629年）10月26日，皇太极统帅八旗军分东、西两路，分别进攻长城镭隘龙井关、大安口，直指河北遵化。
虽然按照朝廷分工，袁崇焕主要分管山海关外防务，蓟辽总督刘策分管关内防务。但是，袁崇焕作为蓟辽督师，对整个蓟辽地区的防务都是责无旁贷，况且后金铁骑正是从山海关外而来。
于是，袁崇焕作出紧急部署，一方面对关宁锦、京师要道、京畿地区紧急布防，另一方面急派兵力追击堵截，再试图依靠坚固的城池来进行一场防守反击的作战。
在后金突破龙井关、大安口后，袁崇焕急令平辽总兵赵率教率4000兵马，驰救遵化，准备将八旗兵拦截在这里。11月4日，奔袭三天三夜的赵率教援军至遵化城外，与后金贝勒阿济格等所部满洲左翼四旗及蒙古兵相遇，误入埋伏，中箭坠马，力战而亡，全军覆没。赵率教战死，是明军的重大损失，袁崇焕失去了最得力的大将，失去了救援京师的最佳时机。7日，后金军破三屯营，明朝丧失了将后金军堵在遵化的机会。从此以后，袁崇焕统率的蓟辽明军，便满世界追着后金军在京畿地区跑。
这是一场跳进黄河也洗不清的野战。京城百姓、官僚谣言四起，他们无视八旗军的机动优势，纷纷言传袁崇焕通敌，要不跟着敌人干什么？而袁崇焕军队前脚刚到德胜门，八旗军后脚就来了，京城民众认为是袁崇焕给敌人带路。特别是那些在城郊有大批房地产的京城权贵，将八旗军掳掠的仇恨转嫁到袁崇焕身上。皇太极似乎患了恐袁症，又极力避免和袁崇焕接战。双方不停的这么兜圈子。袁崇焕本人也深知八旗军的野战能力明显超过明军，赵率教全军覆没就是例子。虽然袁崇焕决意要“背捍神京，面拒敌众”，堵塞八旗军入京师之路。但是，袁崇焕设计的三个阻截都没有成功，这样战线就推到了北京。
袁崇焕在北京城下拿出了依托坚固城防打防守反击的拿手好戏，在德胜门、广渠门外亲率9000多关宁铁骑与八旗军展开殊死血战，在其他明军协助下，最终迫使八旗兵撤出京畿地区。
但北京不是宁远，让北京成为展现自己军事思想的试验场，不能不说是袁崇焕缺少政治敏感性的表现，这一点，连一位副总兵周文郁都看出来了：“大兵宜趋敌，不宜入都。”（《明史纪事本末·补遗》）何况，没有圣旨，边防部队不得擅自进入京畿。崇祯皇帝早已谕令袁崇焕军队不得越过蓟州，而袁崇焕却要让部队进入京城休整（“崇焕以士马疲敝，请入休城中，不许。”《明史-袁崇焕传》）。这一点，更让袁督师说不清了。他的认为“君父有急，何遑（闲暇）他恤？苟得济事，虽死无憾。”（周文郁《边事小纪》卷一）在帝制时期，没有几个皇帝敢放心的让外来部队进入京城，不要对崇祯求全责备。即使现在，也不可能。