朱元璋不得已只好自己，兼任宰相的工作。用现在的话说相当于公司里面的ceo。，不管中央zf事务的大小，都由朱元璋一个人裁决。通常在这样的情况下，如果朱元璋立了储君的话，也可以叫储君来帮忙协助处理政务。这就关系到立太子的一个问题，朱元璋依照老传统长幼有序，选大儿子为东宫之主。既然朱元璋处理的事务繁杂居多，那就应该选一名有才能的皇子来继承大统。明宣宗坐上了皇帝之位后，都是运用两套模式来帮助皇上治理国家、打理朝政，就是以内阁和太监来协助皇上。总体上维持了皇权的稳定性，同时又减轻了皇帝压力。但是皇族却不能一律干预朝政，更不能对朱元璋谈及国事，这就是明朝政治制度的一大缺陷。虽然说皇权没有受到外部的一些威胁，就连将来的继承人，也只是跟出生有莫大的关系。总体来说明朝的，不管哪一个部门或是哪一个zf都离不开皇上，一旦离开皇上，那就办不了事情。
朱元璋是采用的分封制度，就是对皇子进行一个分封，让他们做藩王，管理一方土地。当然这里要排除储君。藩王虽然位高权重，但是他们不能干预朝政。藩王的待遇也极好，明朝最富裕的一个藩王就是朱常洵。根据明朝史料记载，在万历皇帝在位期间，曾经赐予朱常洵四百万亩田，更何况朱常洵只是一个亲王。在众多的朝代当中，只有明朝的皇室子弟是最多的。他们什么也不用干，但大量的钱财和粮食都在皇室子弟的手中。而百姓连饭都吃不饱，最后百姓民怨载道，集结起来抗议，这也就是各路百姓纷纷起义的原因。即使崇祯皇帝再怎么节俭，也改变不了这一事实。它所涉及的皇室子弟十分广，根本就不能轻易的改。照这样的情况，明朝灭亡只不过是时间问题。
在明朝当官，待遇并不是很好。就连各部的尚书为正二品，他们全年的待遇也就是152两。如果官员家中多添了一口人，那么靠这么点工资肯定是养不活。朱元璋一致认为，官员应当过朴素简单的生活，这才是千古不变的道理。在明朝当官，根本就得不到什么福利。朱元璋制定这一制度之后，明朝以后再也没有更改过。这么一点工资，根本养不起家里人。那就只有一个办法，压榨老百姓或是贪污受贿，明朝朝廷上也正是有这样的一股风气。
除了以上制度，朱元璋还重用直言进谏的人，也就是言官。当初朱元璋设这样的制度，初衷本是好的。皇上并不是圣人，有时候也会犯糊涂或堵塞视听，为了这朱元璋才设立了这样的制度。但是发展到后面，朝廷上一片混乱。就连明朝皇帝想打想骂都没有用，再者说官员们的工资那么低，能不折腾吗？此外，明朝的军事制度也十分的落后，一代为君，便可以代代为君，而且军队都有自己的土地。可是到了万历皇帝执政期间，明朝军人的地位也越来越低。无奈之下，军人只好逃亡，这样一来，就出现了土地兼并的现象。而那些将领基本上没有文化，如若发生战争，必定要派一个监军进行监督。以前君君就是一个太监，后来改成了一个文官。将领在外面征战，又要小心朝廷上的小人举报、诽谤，另一方面又要小心监军打小报告，处处都现到了限制，又怎能专心打仗呢？