在明朝建国之初就已经制定的一些制度，对整个明朝有深远的影响。朱元璋出生在社会底层，所以他对很多多东西的认知不足，导致朱元璋的一些制度存在的缺点。
第一对于吏治的薪酬等福利制度。
明朝官员的工资、休假福利待遇极低等可能是导致后期官员们腐败的重要原因，朱元璋是苦出身的原因，因此它将人们的生活需要想得太简单，人在官场上飘你难免需要一些接待活动，家里的面子场子也需要撑起来，这一切都是需要一定的俸禄来维持的，而明朝期间官员的俸禄可以说是整个封建朝代最低的，这种标准，迫使官员们不得不去进行一些小偷小摸的油水，而这种行为的进行，很多时候只是为了维持基本的生活水准，并不是为了奢侈的生活，不过可能由于是后期发展愈演愈烈，他们开始转向各种各样的收藏银子的爱好。因此低薪酬的养官员制度，反而导致了当时的百姓的生活变得更加的劳累，他们不得不承受重大的税负压力。
第二个是朱元璋的御史言官检举监察制度。
在建国的初期，国家机构和制度的运行，官员对于制度的执行，都还在起步阶段，可以有一定的作用，能能开国的初期相对来说立规矩的时候肯定是效果最好的时期，大家都会尽力的去做，以免自己被挑出来。可是到了后期已经形成了相互的阵营，这就使得这种相互监察制度举报制度变成了铲除异己、镇压政敌的制度。
第三是明朝国家财政和经济制度。
明朝建国之初，国家已经开始发行纸币，一种"大明宝钞"纸币，无视经济规律只发不收，既不分界，也不回收旧钞，发行数量又无限制。"大明宝钞"面额以一贯为最高，即使到后期发生通货膨胀，也没有发行大钞。致使市场上流通的纸币越来越多，泛滥成灾，发行当年就通货膨胀，贬值极快，人民纷纷弃之，不到二十年，便趋于衰败。
定额税收制度，是最大的弊端。不管耕地增加多少，人口又上升多少，生产力进步多少，明代农业赋税始终就维持在这个水平左右。换句话说，猪肉都涨价了，明朝的税收还是那么多！致使物价在上涨，国家开支在增加，可收入并没有随着经济的发展进步而增加，以至于国家财政入不敷出。
此外，商税在整个明代始终都处于名存实亡的状态，甚至还有的商贾本身就是蕾绅，他们支持禁海，却自获海上走私牟取利，他们支持减税，家里却良田万亩。可见，明朝的税收已经弱到了什么地步！这样的税收，直接让官绅阶级把税收转嫁给农民。
朱元璋对商业和商人在政治上采取了压制措施，规定商人只准穿布不准穿沙。但经济上的轻视，以至于定商税三+税，还规定书籍笔墨农具、舟车丝布之类皆免税，并下令裁撤税课司局364处，使商税较元未大大简约。“三十税”是什么概念？也就是说，商税只有3。33%！今天的商税多少？起码有17%增值税！看看，这差距是多少要是风调雨顺的年间，农民还能活。但是，随看明朝时的小冰河时期到来，天实频发，自耕农不断减少，社会矛盾已经埋得太深了。一旦大规模天灾出现，御址子的农民就要造饭，这是亘古不变的规律。可惜，明朝只有皇帝上心，官绅阶级该怎么莹断还是怎么垄断，该怎么逃税还是怎么逃税。
到了明朝后期，崇祯皇帝要加税来平叛、对后金用兵，遭到文官集团的一致反对。因为他们知道农民身上已经没有油水，加税收，只能从他们身上出了。
基本上，朱元璋都沿用了秦始皇所推崇的治国之道。秦始皇执政期间，它采用了中央集权制度，主要把皇权集中在皇上、宰相以及地方这三处。很多朝代都沿用了秦朝所实行的政治制度，可见秦朝所实行的政治制度也是深受后世百代帝王的看中。这一制度更有利于皇权的集中以及大王朝的统一，朱元璋主要把权力放在了皇上，宰相以及地方这三处。但是朱元璋废除了宰相制，就连宰相也被朱元璋给杀掉。不是宰相制度，那谁来接替宰相所做的工作呢？