万历十一年正月，南京刑科给事中阮子孝又上疏弹核张居正“各子滥登科第，乞行罢斥”。这时张四维上疏代辩，说“居正诸子所习举业，委俱可进。惟其两科连中三人，又皆占居高第，故为士论所嫉，谤议失实”。神宗批文：“都教革了职为民”。羊可立弹核张构陷辽王朱宪?，同时辽妃上书为辽王辩冤，并说辽府家產无数，全入张家。
於是万历皇帝下令籍其家，一些老弱妇孺因為来不及退出被封闭于张府，饿死十七口，其中有三名婴儿。
抄家时逼死张居正子张敬修、张懋修。长子张敬修不堪严刑逼供之重负，在写下一份“丘侍郎、任巡按，活阎王！你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈”“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，今张家事已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也！”血书之后自縊身亡；三子张懋修投井自杀未遂，又绝食未果。
潘季驯看不下去，上疏皇帝说，“治居正狱太急”，“至於奄奄待毙之老母，煢煢无倚之诸孤，行道之人皆為怜悯。”皇帝看了不高兴。后被御史李植核以檔庇张居正，落职為民。
在“夺情”事件中得罪张居正而受到排挤的于慎行曾给办案的邱瞬写信：“当其柄政，举朝争颂其功而不敢言其过，今日既败，举朝争索其罪而不敢言其功，皆非情实也。”
蓟州总兵戚继光调任广东任总兵，不久贫困而死。内阁大学士许国连上三疏求去，说：“昔日颠倒是非在小人，今乃在君子（言官），檔同伐异，罔上行私。”
皇帝迫于物议，恩准给张家留空宅一所，田十顷养张老太太赵氏，餘子皆充军。一年后赵氏在悲伤中死去。李植以及江东之、羊可立三人，以“尽忠言事，揭发大奸有功”，分别晋升为太仆寺少卿、光禄寺少卿和尚宝司少卿。
张居正至天启时方恢复名誉。崇禎朝“抚髀思江陵，而后知得庸相百，不若得救时相一也”，为张居正彻底平反。识者感慨其“功在社稷，过在身家”。《明史》评价他功在江陵，张居正故宅有题诗云：“恩怨尽时方论定，封疆危日见才难。”
张居正著有《张太岳集》、《书经直解》等，后世则把他所有的著作编入《张文忠公全集》。
万历晚年还恨张居正吗？
万历继位时才10岁，国家大事上都是张居正等人把持，而让万历以读书为主，身为帝师，张居正对皇帝要求极为严格。因此，小皇帝从小就对张居正怀着一份敬畏之情，还有些许的惧怕，但是随着年龄的增长，他们之间的关系发生了微妙的变化。尤其是万历六年（1578年）发生的一件事情彻底改变了万历皇帝对张居正的看法。
由于管教极严，万历皇帝对李太后充满敬畏。万历六年（1578年），母子间曾发生过一次极为严重的冲突。其时，万历皇帝新婚不久，李太后便离开乾清宫，搬回慈宁宫居住。离开了母亲的监护，万历皇帝有一种如释重负的感觉，便在太监的唆使下，做一些往常不敢做的事情。一次夜游西城，贴身侍应太监孙海为其找来两位年轻貌美的宫女陪酒。喝得半醉时，万历皇帝要这两位宫女唱时令新曲。所谓时令新曲，类似于今天的流行歌曲，但明代坊间的曲子，语颇轻佻，与时下东北民间的二人转，庶几近之。两位宫女说不会唱，孙海在一旁怂恿，宫女仍坚持不唱，万历皇帝因此大怒，喝令推出斩首。经孙海提醒，万历皇帝这才醒悟杀人不是好玩的事情，于是改为削发代替斩首。
第二天，李太后知道了这件事情，找来那两位惊魂未定花容失色的宫女，问明事情原委，顿时大怒。她跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤销万历皇帝的九五至尊地位的决定，改让潞王继承皇位。
乍一听到这个消息，朱翊钧吓得三魂出窍，六魄离身。他跑到李太后面前长跪不起，乞求得到宽恕，并保证悔过自新。李太后在陈太后的一再劝说下，终于松了口气，但仍坚持说:“能不能留你，要看张先生的态度。”张居正在李太后的授意下，写了一道劝诫皇上“慎起居”的奏疏。《明史李太后传》中说张居正“具疏切谏”，过几天，张居正又遵李太后的懿旨，替万历皇帝代草“罪己诏”颁示天下，此场风波才告平息。