王照曾讲述这样一个故事：慈禧率光绪和文武百官出逃后返京，走到保定住下。太后睡觉的地方被褥铺陈华美，李莲英住的稍差一点，但也很不错。而光绪睡觉的地方却很凄惨。李莲英侍候慈禧睡下后前来探望，见光绪在灯前枯坐，小太监无一人在殿内值班。一问才知皇帝竟然铺的盖的都没有，时值隆冬季节，根本无法睡觉。李莲英当即跪下抱着光绪的腿痛哭：“奴才们罪该万死！”并把自己的被褥抱来让光绪使用。光绪后来回忆西逃的苦楚时曾说：“若无李安达（对太监称安达，是一种尊敬或巴结的意思），我活不到今天。”
退休
戊戌变法后，李莲英出言谨慎，没有鲜明地表态站在慈禧一边，慈禧从此在感情上对他有些疏远。西逃回到北京后，李莲英认为自己这一辈子侍候皇家还是尽职尽责的，可以考虑退休了。
光绪三十四年（1908年）十月二十二，慈禧死于北京西苑的仪鸾殿。李莲英办理完慈禧的丧事，于宣统元年（1909年）二月初二，离开生活了51年的皇宫。
1985年，佟洵发表文章《李莲英死因之谜》。文章中，不仅首次披露了1966年挖掘李莲英之墓的全过程，以及李莲英身首异处的真相，更提出了李莲英死于非命的观点。但在学界，却有不同的声音。唐益年，中国第一历史档案馆研究员。这些年来，他几乎翻阅了全部的清代太监档案。对于李莲英究竟是否死于非命，他并没有给出肯定或否定的评断，但他认为，在那些流传于民间的种种说法中，有诸多值得商榷之处。
在唐益年眼中，机警圆滑的李莲英绝不可能是被宫中仇敌所杀。唐益年认为，在清朝开国之初，顺治皇帝就立了一个铁牌，规定了太监不许干预朝政，所以李莲英根本不可能参与朝廷内的檔派之争，在这种情况下，他不可能得罪了革.命檔人，等他临死出宫时，对于政事更没影响了，所以杀他没任何意义。同时唐益年还认为，李莲英被悍匪杀死于讨债路上的故事更是杜撰。无论是李莲英的财富地位，还是他离宫后岁过甲子的年龄，都不可能亲自出门讨要债务。
在民间，关于李莲英之死有多种说法。有传说，他死于革.命檔之手。因为李莲英正好死在辛亥革.命时期。此外，有传言说李莲英被宫中的仇敌所害，也有人说他被杀死在去山东讨债的路上。
但李莲英的过继孙女李乐正说，祖父死于痢疾，得病三四天就突然死亡。但有专家怀疑了这种解释，因为按1911年3月4日来讲，正是初春季节，这个季节得痢疾让人费解。
对于这些不同版本的传言，虽然都没有找到李莲英被杀的直接证据，但专家认为，那些史料中模糊的记载，以及散布于民间的传闻，以至李莲英后人言语中的破绽，都已经暗示了李莲英之死的种种蹊跷。
1966年的时候，人们曾经打开过李莲英的坟墓，人们确实在他的坟墓中发现了大量的珍宝，如象乒乓球一样大小的宝珠，金子做的烟碟以及数不清的珍珠、翡翠、玛瑙等宝物。不过令人吃惊的是，他的棺材里除一颗头颅和一条长辫子外，没有尸身。
当年，陵墓占地约有二十多亩，由南向北延伸，墓地最北端是一座金水桥，由桥向北是整个墓地中最有气势的一座汉白玉质地的牌楼。
这个牌楼上面有匾额，写的是“钦赐李大总管之墓”，牌坊上首写的是“阆苑清风”，下首写的是“仙台飘渺”，两个柱子上还有一副对联：通幽向明昭垂万禩，大中至正巩固千秋。
咸丰七年十月十一日进宫
清宫档案的记载也证明，李莲英是于咸丰七年十月十一日由郑亲王端华府送进皇宫当太监的，但年龄是13岁。也许李莲英在净了身之后，没有直接到皇宫当差，而是在王府当了几年的差，才被郑亲王送进皇宫的。
李莲英入宫后的名字叫李进喜，他进宫14年的时候才由慈禧太后起名莲英。李莲英入宫之时，正值太监安德海被慈禧太后宠爱，红得发紫。