朝野议论
慈禧对李莲英的宠信与日俱增，确实引起朝野的议论和不安。有人说李莲英权倾朝野，收受贿赂，投到他门下就能当高官；有人说他“干预朝政，广植私檔”；甚至还有人说他陷害拥护维新、站在光绪一边的大臣。
光绪十二年（1886年）四月，直隶总督兼北洋大臣李鸿章称北洋海军已训练成军，奏请朝廷派大臣检阅。慈禧就派总理海军衙门大臣醇亲王前去巡阅。由于醇亲王是棱绪皇帝生父，身份高贵，因此要加派太监、御医随行。而醇亲王是一个城府很深且非常谨慎的人，他主动要求派李莲英随行，以减少太后对自己的猜忌，慈禧马上批准了。
醇亲王五月初一回北京复命，这时朝廷中一片不满之声。监察御史朱一新向光绪上奏，批评派李莲英随醇亲王视察海军。他们还说李莲英妄自尊大，结交地方官员，收受贿赂，理当查处。
对此，清代著名维新派人士王照说，醇亲王离京后，每次接见文武官员，都让李莲英作陪。他的本意是避免揽权嫌疑，李莲英可以作证。而李莲英则记着安德海的教训，每天穿着朴实，替亲王拿着一支旱烟袋，随时装烟、递烟，回到住处则不见一个来访的人。
从李莲英一向小心谨慎的表现来看，王照的说法是较为可信的。何况朱一新的奏折里没举出一桩李莲英违法的事实。
慈禧问明情况后，下令将朱一新由御史降为主事。
朝臣抨击
光绪二十年，北洋海军在甲午战争中吃了大败仗，全国舆论一片哗然。人们不敢直接批评慈禧，就把矛头指向北洋大臣、直隶总督李鸿章，同时捎上了李莲英。
陕西道监察御史恩溥、福建道监察御史安维峻、吏科给事中褚成博等人纷纷上折，指责北洋海军将领贻误军机，并与总管太监李莲英暗中来往，相互包庇。其中，安维峻奏折中有“和议出自皇太后，李莲英实左右之”，说对日本的决策看起来是皇太后决定的，实际已被李莲英左右了。这句话成为人们抨击李莲英干预朝政的一大证据。
实际上，安维峻本意是要求慈禧不要再事事牵制皇帝，并应严惩李鸿章。奏折中尽管涉及到李莲英，但只不过是用来做铺垫陪衬而已。
慈禧异常震怒，以皇帝的名义发上谕说，天下事都要听皇太后的。随后，安维峻以“离间”皇太后与皇帝的罪名，被革职充军。
朝臣们对李莲英的抨击都没有结果，主要是因为攻击都是仅凭道听途说，拿不出真凭实据。
清史家分析，许多想在地方上谋官位的人都走过李莲英的门路，但他是否真的去向慈禧疏通过，谁也说不清楚。以慈禧喜怒无常的性格，就是李莲英也不敢轻举妄动。事情办成了，人们以为是李总管的作用，事情没办成，就是李总管不给面子。而多少是真、多少是假，除了太后身边的人，谁又能说得清呢？
敲诈官员
说李莲英干预政事虽然证据不足，但他贪财却是千真万确的。
永曾在《庚子西狩丛谈》中记述了他的一段亲身经历。
1900年，八国联军打入北京，慈禧率光绪及百官出逃，吴永在随驾西行途中任粮台会办，掌握钱粮大权。他回忆，到山西后，太后的排场越来越大，一切费用都要地方承担，太监们则趁机勒索钱财。
像首领太监以及有点权力的小太监，都需要几两或十几两银子打发。但总管太监就不同了，没有个一百两左右是绝对不行的。
不仅如此，李莲英等还千方百计敲诈勒索朝中办事官员。江宁织造是内务府设在南京的机构，负责办理绸缎服装并采买各种御用物品。江宁织造每次织办服装衣料时，都要向宫中太监请示并领回画样，按图制作，这便是李莲英一伙太监索要钱财的机会。
光绪十二年八月初三，江宁织造驻京人员来煜在给江宁织造广厚的信中说，李莲英借他们拿图样勒索白银120两。来煜在信中说，要是别人还能用好言好语去磨，惟有这位李总管不好对付。
以慈禧的精明老练，她不可能不知道身边太监有些胡作非为，但只要他们不干预政事，把她自己侍候得舒舒服服，太监们贪点钱财在她眼里根本算不了什么。
生性圆滑
慈禧与光绪不和，深受慈禧宠爱的李莲英如何在两人之间相处呢？两面讨好、八面玲珑的做法，是他始终立于不败之地和自我保全的策略。
有人说他站在太后一边，反对变法，陷害帝檔，甚至还有人说光绪就是李莲英下毒害死的。但也有人说李莲英生性圆滑，两面讨好，不但太后喜欢他，就连光绪也因为从小受到他的看护而喜爱他，并夸他“忠心事主”。