接着，埃赫那吞又宣布：已没收的其他神庙的土地划归阿吞神庙，禁止僧侣参政。首都迁往底比斯以北300公里的希尔摩。为新都取名‘埃赫塔吞’，意为‘阿吞的地界’。让麻伊负责营建新都，赫伦希布负责取缔一切非阿吞崇拜。各级官员必须听从调遣，消极怠工或拒不服从者必严加惩处。文武百官听罢，个个目瞪口呆。埃赫那吞视若无睹，挥手道：“此令已出，理解要执行，不理解亦要执行。”随后离开御座，转身退朝。。
当天下午，大批军队分头查抄了底比斯的各大阿蒙神庙，强行将僧侣们赶出庙门。死活不愿走的被士兵生拉硬拖至门外。许多僧侣背着行李卷离开多年生活的庙宇时热泪盈眶，内心里痛骂埃赫那吞。阿吞庙的僧侣则轻松愉快，接管了阿蒙神庙的大批田产、奴隶和其它财产。
埃赫那吞在位第六年，动员几十万劳工建设的新都埃赫塔吞落成，包括宏伟的王宫、高官显贵的住宅、可与底比斯阿蒙神庙媲美的阿吞神庙、部队营房。埃赫那吞由祭司选出个良辰吉日，率领满朝文武官员，并带各自家眷奴仆，以及保卫京师的卫戍部队，浩浩荡荡迁往新都。
埃赫那吞迁入新宫后便无心朝政，整天陶醉在宗教生活和宫廷生活中，政事由麻伊掌管，军事托付给赫伦希布。这俩人因为与阿蒙僧侣贵族有利害冲突，因而很是卖力。埃赫那吞本人则疏于朝政，对下放松监督，于是统治日益松弛，国家机器像一驾陈旧的马车，虽能运行，但到处吱嘎乱响，运转不畅。
底比斯的僧侣仍然明里暗里结集，举行向阿蒙神的献祭活动。起初，各个城市的长官还严办违令者，但久禁不止之后也就索性睁一眼闭一眼，更关心的是中饱私囊了。老百姓受租税和服劳役的双重压迫，牢骚满腹。新王国充满了危机，但埃赫那吞却脱离现实，继续生活在他自己的理想境界当中。他自认为是阿吞神同人间联系的唯一使者，夫妇两人每日上午带着子女去神庙祷告、献祭，下午便呆在宫内玩乐。
埃赫那吞酷爱颂歌和雕刻艺术，麻伊为首的一帮文人投其所好，创造出一首首吹捧阿吞和法老的诗，什么：“由于您的英明，到处都是一片祥和;”什么“您像阿吞一样圣明，人们只要遵照您的教导，就会过上幸福的生活。”每当他听到这些颂词时，便十分的高兴。但是那些仇恨埃赫那吞改革的阿蒙神庙的僧侣们，却在一直在找机会想刺杀埃赫那吞。
一天，埃赫那吞和老皇后同坐一车去阿吞庙祭神。他心情愉快，一路对母亲介绍街边的景物。突然马车停了下来，埃赫那吞朝前看去，原来是一个人拦住了车队。卫士长上前询问，这个人说有冤状上告。埃赫那吞让那青年到自己车边来，由书吏长麻伊代他接收。这个人跪行到国王所坐的马车轮下。麻伊则从马上俯身刚要去接状纸，说时迟那时快，这一青年一跃而起，从纸卷中抽出一把锋利的青铜短刀，向车上的法老胸部猛刺过去。“啊!”埃赫那吞本能地惊叫一声，又本能地向后闪去，老太后吓得当时就昏过去了。就在这千钧一发之际，车右侧的卫士横转过青铜矛，狠劲捅向刺客的后背。矛头破腔而入，刺客未及刺到法老便沉重地倒了下去，恰好压在法老的身上，那刀尖几乎碰到法老的鼻子。
国王遇刺的消息很快伟开，阿蒙神庙的僧侣们借机又放出风来说：“这是阿蒙神对法老的一次警告，假如他还要倒行逆施，就要受到更严厉的惩罚。”
一时间，埃及全国上下一片人心惶惶。王后涅菲尔提忧心仲仲劝埃赫那吞不要再这样下去了。不料，埃赫那吞大发脾气，将王后斥责了一通。王后伤心极了，便带着孩子回到了底比斯，直到死后，夫妻二人也没有再见一面。
公元前1326年，埃赫那吞在众叛亲离中去世。王后涅菲尔提未能饶恕他，没有出席他的葬礼。刚刚9岁的吐坦哈吞即位。
以麻伊为首的大臣们上表一致要求将首都迁回底比斯。不久，新国王颁布命令，将首都迁回底比斯，为阿蒙神庙僧侣彻底平反，归还庙宇财产，由国库对一些被处死的僧侣的家属和致残的僧侣进行赔偿。在僧侣的压力下，吐坦哈吞(意即阿吞的鲜活形象)的名字也改为吐坦卡蒙(阿蒙的鲜活形象)。
吐坦卡蒙18岁就突然死了。奇怪的是昔日的臣子麻伊却成了法老。没有多久赫伦希布又依仗军队夺取了王位。埃赫塔吞城被宣布为“邪恶的地方，渐渐变成了一片废墟。