埃赫那吞偏爱希利奥波里城的地方神阿吞神(太阳神)，因此，在他即位之后，便下令以阿吞神取代阿蒙神为全国最高神，命令全体子民一律供奉新神。为此，他将自己的名字阿蒙霍特普(阿蒙的钟爱者的意思)改成埃赫那吞，意即阿吞的光辉。还自称自己是阿吞神的儿子。
古埃及全国虽有一个主神，但各地还有五花八门的低一级的地方神。你崇拜你的，我崇拜我的，井水不犯河水，一个地方一个样儿，或几个样儿。许多崇拜对象对今天的人来说都似乎不可理解。比如一副弓箭，某件木制的雕刻制品，某种石头都能成为圣物。至于土地、河流、雨水、泉水、雷、电，则更使他们顶礼膜拜。此外，许多鸟兽昆虫也是崇拜偶像，简直无处没有神。
埃赫那吞在全国推行新神取缔旧神的同时，还要借清除阿蒙神庙僧侣贵族之机，靠行政命令将千百年来古埃及人崇拜的其它的神一扫而光。这一措施令习惯阿蒙神和地方神的埃及人十分奇怪：“这是怎么回事?怎么好端端的阿蒙神不让拜了?我们自己的神也不让拜了?一时间不知内情的百姓都有一种大难临头的感觉：“国家安宁了不少日子，看来又要出大乱了。“于是富人忙着藏匿私人财产，迁到乡间避祸。僧侣们如热锅上的蚂蚁，上窜下跳，企图影响埃及赫那吞的决策。宫廷内部也不安宁。王族成员和一些高级僧侣们便请已经退位的老法老阿蒙霍特尊三世和王后劝劝埃赫那吞。
老法老和王后知道儿子不会听他们的话，但又担心国家因此出现战乱，于是趁一天晚上埃赫那吞向他们请安时对他说：“儿啊，做事情不可走极端。我这辈子承蒙阿蒙神照顾，国家太平、祥和。你一下子改弦易辙，如此对待阿蒙神和他的仆人，不仅得罪神，还会触怒许多人。不如现在便收回成命，放弃树阿吞的打算，化动为静，恢复国内的平和。”埃赫那吞听罢皱起眉头，说：“父亲，近日来我已听到许多谣言，也有背后骂我咒我的人，蠢蠢欲动的人，我已命军队严加防范。现在您们来劝诫我。我知道您与他们不同，是担心我把事情搞糟。您所说的道理我也明白。但阿蒙神庙的僧侣势力太大，经常干预朝政，现在他们更加嚣张，诽谤君主，煽动百姓，若不采取果断措施，将来一定要酿成大祸，不如早早快刀斩乱麻，废除阿蒙神，只尊阿吞神，才能使江山稳固。”
老法老说：“你的意见虽好，但僧侣为朝廷诚心服务多年，阿蒙神也为百姓崇拜多年，你要是变教，连我和你母亲都难以理解，何以说服天下?我劝你还是三思后行才好。”
埃赫那吞回答说：“父亲，我决心已定，决不会更改。我知道阿蒙神是底比斯的保护神，可谓根深蒂固。阿蒙神庙僧侣及其家人关系盘根错节，牵三挂四，使我政令难以实行。我想好对策，将首都迁往中部，一则避开阿蒙神庙僧侣的纠缠，二则便于管理上下埃及和亚洲行省。至于百姓一时不解，那只是时间问题，他们迟早会习惯新神的。”
老法老一听忙摇头，说道：“万万不可。迁都是历家的一件大事，不能轻率决定。即使你这么做，我和你母亲也不会挪动。我们老了，你已长大成年人，父亲的话可以不听，但你要知道，我们都是为你好才这样说的。我们还要说，你不能这样过激。”
埃赫那吞说：“父母亲的话我记住了，您们放心。”回到宫里，埃赫那吞闷闷不乐，王后涅菲尔提问他为什么这样不高兴，他便把老法老和王后劝他的事情说了，涅菲尔提王后想了一下，便对埃赫那吞说：“如果这样，我劝陛下还是暂缓行事吧”。
埃赫那吞说：“僧侣的反对是意料之中的，但对我的行动如此不满却没想到。收回成命，他们自然满意，但我自己的面子、权威却在天下人面前丢尽了。况且僧侣们也未必就此罢休，他们心里藐视我的懦弱。既为一国之君，就需言必行，行必果。我的罪了阿蒙神的僧侣就得罪到底，但同时也取得了阿吞神僧侣的赞同，有得必有失。而且以赫伦希布的将领为首向我表示效忠，他们不满僧侣们所做所为。有军队和手下一班人马，就不怕这帮装神弄鬼的人兴风作浪。”涅菲尔提见埃赫那吞决心已定，就不再劝了。
第二天埃赫那吞当着文武百官发布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神庙祭司拒不服从我的命令，自本日起关闭全国各地非阿吞神的神庙，将僧侣赶出庙门回家，还俗为民。一切公共建筑物和纪念物上的阿蒙的名字必须彻底清除。在全国各个城市必须建起至少一座阿吞神庙，各级地方官员要带头向我的父亲阿吞神献祭、宣誓、永远忠于英明、伟大的造物主阿吞。”