但是，中国方面坚持说，在美济礁建造的是渔民避风场所，在工作开始之前就已事先通知过菲律宾驻北京大使，菲律宾所提供的空中照片与事实不符。双方举行了多轮谈判，中方代表坚决表示，争议只能通过双边谈判，反对多边谈判与国际化，也不同意菲律宾提出在4年内拆除美济礁上所有建筑的要求。
1998年11月10日，菲律宾国防部公布了另一张航空照片，即美济礁4号建筑。
从1998年下半年到1999年出的几个月里我国工人在海军护卫舰的保护下，在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中华人民共和国的一个永久前哨。菲总统埃斯特拉达曾命令菲海军前往*锁们美济礁的进出口。
但菲外长很快为埃斯特拉达改口，对外“阐明”了总统的“意图”，他告知媒体说，总统埃斯特拉达的原意时让菲海军加强对美济礁的监视。事实上，埃斯特拉达是想用武力*锁美济礁的，但遭到菲海军方面的劝阻，因为他们很清楚自己的力量是敌不过2艘在附近游弋的中国海军“江湖”级护卫舰。