吴黎宏、余爱军做贼心虚，次日一早，就到理发馆理发，削除了作案时被烧焦的头发。
案件最后经过法院审理，法院认定被告人吴黎宏、胡志瀚、余爱军构成抢劫罪、故意杀人罪，两罪并罚分别判处三名罪犯死刑，剥夺政治权利终身。
台湾方面对千岛湖事件的质疑，当时对两岸关系发展造成了极大的障碍。
公安机关宣布破案后，海协会迅速向台湾海基会通报，并随后多次通报案情。但从千岛湖事件一开始，这件刑事案件在台湾就迅速异化。
4月9日，李登辉出席台湾省“乡镇区长”讲习会时说：“台胞死了这么多人，大陆官方只简单几句话带过，这种做法就如‘土匪’一样。”4月9日，台“新闻局”召开有英、美、法、俄及中国香港记者参加的“中外记者会”，并决定将记者会实况“全程录像”，再配合电视新闻影片，剪辑成英文录像带，在海外电视频道播出，此外台方还在英、法、德等外文刊物上密集报道并编印成册，分送“新闻局”驻外各单位和联合国人*权委员会，国际特赦组织以及国际旅游协会等。不仅如此，台湾同时还采取抵制两岸交流行动，决定禁止岛内民众到大陆探亲、旅游、投资或从事各类经济贸易活动。
这在当时对两岸关系发展无疑造成了极大的障碍。
当时台湾方面对千岛湖事件置疑主要有几点：
第一是指责大陆方面信息不透明，禁止台湾记者采访。
客观地说，我们那时在处理这种突发事件和披露信息方面没有经验。我们还是按照大陆的惯例发布消息，没有全面及时地报道，反让海外媒体尤其是港台媒体“先入为主”，连篇累牍地歪曲报道。13名负有特殊任务的台湾记者，在家属入驻的宾馆楼上安装了一台红外线摄像机。我们这里发生的事，台湾第二天就播出来了。这也是时代决定的，我们不能按照现在社会的发展水平来要求16年前的处理方式。
第二是怀疑我们阔布的案情有假，怀疑我们大陆军警杀害了台湾游客。
3个人杀了32个人，我后来也曾经仔细看过案情，我只能说是人性的复杂。当歹徒控制住台湾游客时，游客大多报以破财免灾的想法，所以在抢口之下就没有反抗，而船上的船员，有的甚至就认出歹徒是当地人，天真地想总不会为难乡亲。但一旦32个人被驱赶进入底舱，就回天乏术了。其中一个歹徒有过劫财留命的想法，但为首的歹徒坚决要斩草除根。人性的凶残可见一斑。
许惠佑问我对他的看法，我说你很敬业。我也回问。许惠佑答，大家都很努力，各为其主吧。
事后我们海协会三次发函邀海基会人员及专家来杭州听取办案专家介绍案件详情。当年5月8日，海基会副秘书长许惠佑带6位鉴识、刑侦专家和法医、律师以及7位罹难者家属抵达杭州。在4天时间里，海协会专家详细介绍了事件发生、现场救援、案件侦破的全过程，以及案犯供认的犯罪过程。
记得许惠佑曾问我对他的看法，我说你很敬业。我是指他在他的立场上不厌其烦地给我们出难题，我记得当时他们提了108个问题，得不到满意答复还会使点小脾气。当时我也回问了一句：你对我怎么看？许惠佑答，大家都很努力，各为其主吧。
其实千岛湖事件在当时，事件是偶然的，但两岸关蠙n鱿植ㄕ廴从幸欢ǖ谋厝恍浴ＧУ汉录埃ㄍ甯按舐降娜耸荒昃痛锏�150多万人次，他们发现和几十年来台湾官方所描述的大陆大相径庭。这对台湾当局来说，他们也许需要给火热中的两岸关系降降温，而这时，恰好发生了千岛湖事件。当然我们在处理千岛湖事件时，现在看来是存在瑕疵的，但我们绝对没有任何恶意。我是个亲历者，当时正好遇上清明节，我们所有工作人员都来不及给自己的亲人上坟祭奠，都在安慰、帮助遇难台胞亲属处理后事。
但这件事最后被台湾少数人利用，把一件简单的刑事案件上升为政治事件，“台.独”势力也趁机造势，成为这之后“台.独”势力日渐嚣张的一个转折点。
千岛湖事件过去10多年了，两岸关系现在是柳暗花明又一村。对于当年这一件让两岸都很痛心的刑事案件，最后怎么被少数人利用，成为此后“台.独”泛滥的一根导火索，给两岸都带来了巨大的伤害，我觉得这是值得两岸共同思索的一个问题。
本文来源：《走向明天——浙台60年口述历史》，中央文献出版社，2010年版，有删节。讲述者马光武为原浙江省台办主任，整理者严格为中新社记者。