六月，朱俊在破颍川后立马攻打南阳郡。在轮番攻城五月之后，终于城破，起义军失败。期间斩杀了黄巾军将领赵宏、韩忠等人。同一年的八月，另一方面的皇甫嵩率领汉军前往冀州，攻打那里的黄巾军主力。起初黄巾军三首领之一的张梁骁勇善战，加之兵力远多于朝廷的军队，所以皇甫嵩一时之间不能战胜。足智多谋的皇甫没有正面相拼，而是筑高台观察敌军的情况。后汉军抓住时机，打个黄巾军措手不及，张梁在战斗中被杀，将士被杀多大三万余人，另有跳河溺死者五万。到十一月，皇甫嵩同锯鹿的郭典一道，击杀了黄巾军最后的首领张宝，十万起义军队被斩杀。这时，黄巾军几乎被消灭殆尽了，起义被皇甫嵩和朱俊等汉室将领平定。
黄巾起义为什么失败
东汉末年的朝廷是腐败不堪，官宦外戚的争斗使得朝堂乌烟瘴气，加上对西羌的连年战争使得徭役繁重，最终逼得百姓聚众起义。汉灵帝光和七年(公元184年)，以张角为首的起义军在全国各地响应，开始了对朝廷的反抗。由于起义军头戴黄金，所以称之为黄巾军。黄巾起义早先是势如破竹，攻城拔寨，但是在经历了短短的九个月后，就被汉军镇压，虽然后面也有小部分的闹事，但是终究不成气候。黄巾起义何以败地如此之快呢?
黄巾军
首先就是黄巾军所面临的敌人还是很强大的，不仅有数量庞大的官方东汉军队，还有各地的义军参与其中，这是整个地主阶级对他们的镇压。黄巾军虽然起先打了个对方措手不及，但是待到那边反应过来时，势必会反压回来。再者就是黄巾起义前夕，被叛徒出卖了消息，导致计划被打乱，最终造成了各地的力量难以相互配合。洛阳的起义更是直接被扼杀，这使得汉军没有了后顾之忧，自然可以倾尽全力对付外围的起义军。还有就是，两军的将领差距太大，汉军这边几乎都是能征善战的好手，什么曹操、孙坚更是后来逐鹿中原的枭雄。反观黄巾军这边，无论是作战能力，还是指挥才能都不及汉军。
还有一点，黄巾军起义的失败在于他们的历史局限性。他们缺乏大的战略构想，没有优秀的军事首领，起义的计划也不完备，起义时也是各自为战不配合，这样的军队怎么不会失败。而且本是农民的黄巾军到后来，竟然也烧杀抢掠，屠戮同是农民的百姓。离开了道义，背离群众的起义注定会失败的。