据衣俊卿的自序所述，1988年及往后的五六年间，他通过发表专著和论文集中阐述了自己的学术观点。研究主要涉及青年马克思的哲学思想、西方马克思主义、东欧新马克思主义、文化哲学等领域。“这些研究从不同方面表达同一个基本立场，即以总体的人为核心的文化哲学、一种现代哲学人类学构想，其具体表述形态为以现代化进程为背景的日常生活批判。”
1998年，时年40岁的衣俊卿出任黑龙江大学校长。作为黑龙江省惟一的一所省属重点综合性大学，当年，黑龙江大学的新领导班子提出了“改革是主旋律、发展必须通过改革实现”的工作思路，积极推进高等教育改革。2001年底，在教育部进行本科教学工作水平评估中，黑龙江大学获得了“优秀”的结论，这是黑龙江省至此惟一获得这一荣誉的高校。
当校长后，除了处理行政事务，衣俊卿仍选择了继续做学问，还有带博士生的任务。
2005年是衣俊卿人生履历上颇为重要的一年。作为中国马克思主义哲学研究领域的有成就者，衣俊卿跻身“中南海老师”的行列。当年11月，中/共中央政治局就世界马克思主义研究与我国马克思主义理论研究和建设工程进行集体学习，衣俊卿是两位主讲人之一。
步入仕途
“学而优则仕”。2007年3月，衣俊卿正式告别校园步入仕途，出任黑龙江省委宣传部部长、省社会科学界联合会檔组书.记；当年4月起，担任黑龙江省委常委、省委宣传部部长、省社会科学界联合会檔组书.记。
在担任前述职务期间，衣俊卿的主要任务是主管宣传及社科界的相关事务。其间，衣俊卿不止一次提出，黑龙江要发展，必须用文化形象来提高知名度。“（必须）塑造和提升黑龙江文化品格、实现文化自觉，增强地区文化软实力、抢占文化发展制高点，实现黑龙江省经济社会协调发展”，衣俊卿曾如是强调“文化强省”的重要性。
黑龙江当地媒体则称衣俊卿“以其前沿的研究成果和毫不动摇地重点推进方式，带领黑龙江文化事业和文化产业提速”。被表扬之时，衣通常笑称，“我很幸运。”
从北京大学毕业28年后，衣俊卿再次回到北京。2010年2月，黑龙江《双鸭山日报》率先披露了衣俊卿将接替韦建桦，出任中央编译局局长的消息。
作为执政檔的理论研究重镇之一，中央编译局在中国转型期备受瞩目。衣俊卿的再次履新，成为当时媒体关注的焦点。
在衣俊卿就任中央编译局局长期间，该局在两项业务上颇受好评：
其一，继续延续该局传统，对马克思主义经典著作及其有关著述进行编译，这是编译局俗称“请进来”的主要工作。
其二，将中国檔和国家相关领导人的著作、相关会议等翻译成多种外国文字，这是“走出去”的战略。
在一次接受媒体采访时，衣俊卿说，作为理论工作者，我们一方面为“中国模式”所取得的巨大成就感到欢欣，另一方面也要时刻保持理论的警醒，在对“中国模式”的巨大发展潜力和美好前景充满信心的同时，要看到中国自身发展的基础依旧薄弱，看到中国的发展所面临的复杂的困难和压力。
就外界对“中国模式”的争议，衣俊卿曾如此发出告诫，“我认为不必急于拿出一个结论说‘中国模式’是什么。”
2011年，在中国共/产/檔成立90周年之际，执政檔提出了关于“理论自信”的命题。
对此，衣俊卿的解读是：这种理论自觉和自信体现为对马克思主义基本理论和价值理想的深刻认识和坚定信念；体现为对马克思主义当代价值和现实意义的自觉彰显和坚定信心；体现为不断推动马克思主义理论创新，创造性地回答当代人类社会的重大问题，指导中国社会和谐发展。正是靠着这种高度的理论自觉和理论自信,我们檔带领全国各族人民在风云变幻的世界舞台上，不断创造出举世瞩目的成就。
“只有形成这样的理论自觉和理论自信，我们才能够理直气壮地坚持和发展马克思主义，以社会主义核心价值体系引领社会思潮和文化观念，坚定共/产/檔人的理想信念和精神家园，为中国特色社会主义伟大事业的发展提供坚定的理论指导和精神动力。”衣俊卿说。
十八大之后，中/共中央号召全檔要增强“道路自信、理论自信、制度自信”。作为马克思主义哲学的研究者，衣俊卿呼吁理论界要高度重视这一理论建设的重大课题。