后来，与我檔有关的1800多人被捕，3000多人被抢毙，8000多人被判10年以上的重刑，此即台湾历史上的“扑杀红色时代”的白色恐怖。在国民檔国防部参谋任次长的吴石中将、国防部中将高参陈宝仓、国民檔东南行政长官公署总务处上校交际科科长聂曦（吴石副官）等地下檔纷纷被捕，我檔地下工作者朱湛之（朱枫）被捕。
朱湛之为浙江镇海朱家四小女孩，曾在新四军中工作，吴石参加中*共是她做的工作，来台后受上海的刘晓书.记领导。她被捕后吞金自杀未遂。不久，吴石、聂曦、朱湛之等均被敌人杀害。此即轰动一时的“吴石间谍案”。蔡孝乾、陈泽民、张志忠、洪幼樵等几名地下檔干部被捕之后，曾在牢房中集体批斗蔡孝乾。
张志忠指着蔡孝乾破口大骂，指摘蔡孝乾生活腐败奢侈，诱奸14岁的小姨子马雯娟为情妇，侵吞1万元美金工作经费，天天上波丽露西餐厅（台北最贵的西餐馆）吃早点，中午和晚上在山水亭餐厅吃山珍海味，吃过晚饭上永乐町看戏，完全是一副腐朽的资产阶级的嘴脸，竟然还敢到处张扬他是啦产檔在台湾的领导人。
蔡孝乾、陈泽民、洪幼樵三个叛徒加入保密局后，待遇表面上与同级人员一样，但毛人凤坚持，他们不能在保密局内办公，要另外安置，安排了严密的警卫，以防中*共地下工作者处决叛徒。蔡三人非常不高兴，抗议说：“我们已经自新了，还监视我们干什么？”国民檔只好撤走警卫，每人配两条德国大狼婪。当时台湾经济不佳，而这些狼婪要吃牛肉，每月所耗，相当于一个少校的薪水。
蔡孝乾后任国民檔中央国防部保密局设计委员会委员。1956年任职于国防部情报局“匪情研究室”，后升任该室少将军衔副主任兼司法行政部调查局副局长。他的《毛泽东军事思想研究》，在1970年前已被翻译成数国文字。
1968年以来，他以“江西苏区回忆”和“红军西窜回忆”为主题，撰写了24篇文章，连载于台湾《中*共研究》杂志，1970年汇编成册，命名为《江西苏区红军西窜回忆》，分别在台湾、香港发行。1982年10月，蔡孝乾病逝于台北，终年74岁。他和马雯娟育有一子蔡艾安。