在1900年的义和团事件后，汇文大学和协和大学。这两所私立教会大学试图合并，却因内在矛盾太多，多次协商未果。1916年后，分别由美国长老会、美以美会、美国女公会、公理会、英国伦敦会等合办，初期名为“北京大学”。但是这个北京大学跟我们知道的和京师大学堂演变成的北京大学是一点关系都没有的，最初的燕京大学也叫北京大学，而且英文名字和北京大学是一模一样的，中英文都是一模一样的。
由于是不同的教会合办、不同的学校合并，所以起初管理非常混乱，一直没有满意的校长，直到1919年司徒雷登出任校长，才开始有了转变。正式成立了燕京大学。1921年校长司徒雷登获得美国著名出版商亨利·卢斯及美铝公司创办人CharlesMartinHall的捐款，在北京西郊购买了数处前清亲王赐园，聘请建筑设计师墨菲进行总体规划，建造了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所校园。
燕京大学的东西轴线以玉泉山塔为对景，从校友门经石拱桥、华表（取自圆明园废墟），方院两侧是九开间的庑殿顶建筑穆楼和民主楼，正面是歇山顶的贝公楼（行政楼），两侧是宗教楼和图书馆，沿中轴线继续向东，一直到未名湖中的思义亭，湖畔还有博雅塔、临湖轩。东部以未名湖为界，分为北部的男院和贝公楼。南部的女院。男院包括德、才、均、备4幢男生宿舍以及华氏体育馆。女院沿一条南北轴线，分布适楼、南北阁、女生宿舍和鲍氏体育馆。燕京大学建筑群在外部尽量模仿中国古典建筑，在内部使用功能方面则尽量采用当时最先进的设备：暖气、热水、抽水马桶、浴缸、饮水喷泉等等。1926年，正式迁址。
1927年，燕大与哈佛大学合作组成了著名的哈佛燕京学社，促进中美文化交流。到1930年代，燕大已发展成为中国学术水平最高的教会大学。
燕京大学（1919-1952）虽为教会学校，但其本着“因真理，得自由，以服务”的精神，实行的却是综合教育：全人格教育、博雅通识教育、身心灵健康教育（1920年代初，取消了宗教仪式和宗教必修课，同时加强了国学课程，规定学生必须修满一定的国学课程才能毕业）。自1919年草创，至1952年停办的短短33年中，创下了中国大学教育史上的两大奇迹：
第一，创办头10年间，燕京大学就从一个三校（汇文大学、华北协和女子大学、通州协和大学）合并、互相扯皮的“烂摊子”，一跃成为可与中国乃至国际知名的一流大学比肩的综合性大学；
第二，在战乱中成长，燕京大学的学科设置在中国大学史上是开创性的，燕大培育的注册学生虽然总共仅9988人，不如今天中国一个三类大学的学生规模，但却有一大批杰出人物。谢婉莹（冰心）、费孝通、吴文藻、李安宅、周一良、周汝昌、余英时、李慎之、资中筠、黄昆、吴兴华、王世襄、阮铭、侯仁之、林启武、连士升、翁心植、王夔、翁独健、林书颜、丁汉波、郑德坤、蒋彦永、郑念、邓家栋、赵兰坤、黄笃修、杜联喆、房兆楹、沈昌焕、俞启威、沈剑虹、江平、刘家栋、陈浩、张鸣岐、张贻、余梦燕、魏景蒙、侯祥麟、秦希廉、谭其骧、黄华、周南、柯华、萧乾……；
42位中国科学院院士，11位中国工程院院士；91名学科奠基人；中国工业化过程中有所发明或研制出重要产品及重要发明的发明家有7人；
第二次世界大战结束时，在密苏里巡洋舰上见证日本投降的3位中国记者，朱启平、黎秀石、曾恩波全部来自燕大，二战时期，中国驻国外各大城市的新闻特派员，十有八九是燕京新闻系毕业生；
1979年，邓小平访美，21人的代表团中包含了7名燕京毕业生。
1952年全国院系调整，燕京大学被拆分，文科、理科等并入北京大学，工科并入清华大学。由燕京大学直接拆分而成的大学包括：中国政法大学（燕京大学法学院）、中央财经大学（燕京大学经济系）、中央民族大学（燕京大学历史系）。
1898年6月11日，光绪帝下《明定国是诏》，正式提出要兴办京师大学堂。同年7月3日，京师大学堂在孙家鼐的主持下在北京创立，最初校址在北京景山东街（马神庙）和沙滩（故宫的东北）红楼（北京五四大街29号）等处。京师大学堂是中国近代第一所正式大学。1900年，八国联军侵华，打入北京后，京师大学堂遭受破坏。1902年12月，京师大学堂恢复。吏部尚书张百熙任管学大臣。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。1904年选派首批47名学生出国留学。北京大学社团活动(11张)自国子监和科举制度取消、京师大学堂成立以后，京师大学堂即成为中国惟一官方最高学府和官方教育行政机构，加上各方最优秀之士子大部分均投身京师大学堂，从职能、学统等方面均显示出京师大学堂与国子监之间的传承，因此不少学者皆认为京师大学堂（北京大学）是中国太学的惟一正统继承者。