南派共济会大师孙传庭的战死，让共济会震惊的发现自己手中已经失去了最后一支可以依仗的军事力量，只剩下舆论力量的南派共济会在此后的历史中惊人的软弱无力，他们无奈的面对了京城的陷落和宏光的登基。南派共济会大师史可法无奈的选择在扬州殉国。而他们的政策也仅限于向罗马和国际共济会要求援助，但却遭到日本共济会的阻挠。
这一时期的一个重要事件是北派共济会理事冒起宗的儿子冒襄在南京参加了南派共济会，这一事实向南方共济会揭示了北派共济会的存在和万历以来的种种阴谋。这导致了南北两大共济会组织的彼此认识，和全面开战。
日本共济会坚定的捍卫着幕府的海禁政策，从而对远东贸易采取釜底抽薪的策略，从而一再的阻挠国际共济会对远东问题的关注和对明的援助。而北方共济会则全面倒向清，从而在南北斗争中取得了压倒性优势。南方共济会大师张苍水的被杀标志着南方共济会走向崩溃和瓦解，郑成功作为南方共济会的成员却秘密投降北派，让南方共济会和教皇皆无计可施。此时抗清运动已经失去基础变成了南方共济会煽动下的小规模事件，罗马教廷因此而决定抛弃南方共济会，重建大都总主教区，与北方共济会全面恢复合作。但是这一政策遭到了耶稣会里同情南派共济会的高级教士的阻挠。
他们采取的惊人的“粗暴政策”导致了雍正对基督教的禁绝，同时也间接的导致南北方共济会全都被迫转入地下。北方共济会的理事会成员曹雪芹用他的小说叙述了南北两大共济会组织的兴衰。并抒发了他的愤懑。与南派共济会成员孔尚任哀叹南方共济会和明的命运的《桃花扇》相映成趣。
此后南方共济会长期处在群龙无首的混乱状态，热衷于组织反清起义或者秘密会社，而北派则以渗透清zf和士大夫恢复独立的合法的教会为目标。
南派共济会的中兴大师是林则徐，他是第一个站出来跟清庭合作的南派大师，也是第一个准备抛弃抗清政策和对耶稣会依赖政策的南派大师，但是他激进的政策触怒了他的理事会，于是绝大部分理事会成员倒向坚持抗清政策的洪秀全，在金田起义之后林则徐刚刚出面镇压洪秀全，洪秀全的支持者就大批逃走暴露了共济会内部的分裂和无力，而林则徐之被毒死才给洪秀全成为无争议的大师扫清道路。
之后的南派大师从洪秀全到孙中山，到m延续了一条不断攀升的路线，但是当南派共济会要求
m放弃对苏联的依赖政策，转而继续依赖欧洲的时候，m和一贯敌视欧洲的北派共济会建立了联系。他虽然顺从的切断了跟苏联的关系，但断然的发动了文革，希望荡平南派共济会的力量，依靠北派共济会的支持实现独立自主的理想。
南派共济会转而支持新大师D。历史翻开了新的一页，南派再次取得压倒性优势，志得意满的南派共济会在本世纪初选择了一个网络写手为他们的新大师并以南派三叔的ID走红中国网络，以此炫耀他们的胜利，但是北派共济会则以让南派三叔成为太监三叔的方式回答了南派的挑战。并准备再次发动WG