1999年12月29日，赖水强被解除监视居住，准予取保候审。随后，赖水强积极劝说小弟赖昌图、儿子赖文峰、赖文曲、女婿黄克臻等14名赖氏家族成员，从境外回国投案自首，赖水强也因此获得从轻处罚，判处7年有期徒刑。2002年，54岁的赖水强在服刑期间突然发病，送医无效病逝。
2000年，在赖水强的劝说下，赖昌星的弟弟赖昌图从澳大利亚篱国自首。当年，他被判刑15年，由于狱中表现积极，减刑4年，于2011年上半年刑满，并于2008年9月11日被核准假释。
“远华案”爆发当年，赖昌图曾相信三哥赖昌星很快就会摆平，因此只是回到香港暂时避风头，匆匆出境时并未携带足够现金。在无法力挽狂澜的赖昌星逃亡加拿大后，赖昌图和妻子卖掉钻戒、手镯、项链等首饰，凑足20万港元，为孩子办理了赴澳留学手续，并举家逃往澳洲。据其描述，在澳大利亚期间，他寄宿在朋友家中，靠帮朋友拥有的蔬菜店打杂度日。
与赖昌星一样，赖昌图也曾有香港居民身份。归案自首后，他的香港居民身份被取消。假释期间，其大陆身份也未完全恢复。假释后的赖昌图成为曝光率最高的赖氏家族成员，他一个人住在赖昌星的房子里。赖昌图与赖昌星长相十分相像，曾多次接受媒体采访时谈及赖昌星。
当年投案自首的还有赖昌星的侄子赖文峰，即赖水强的大儿子，后在监视居住期间流亡海外。近年回国，在向调查组说明情况后回家，现已结婚。
由于家庭变故，赖昌星的大姐、二姐均在这十年间，抑郁而终。目前，赖家八个兄弟姐妹，已有四人过世。
2009年5月3日，潜逃多年的赖昌星前妻曾明娜抵达厦门国际机场，回家与父母团聚。她受到了大陆官方的照顾，没有被判刑，并被安排在厦门一套100余平米的套房中，行动自由，每隔一段时间还会前往晋江看望双亲。
曾明娜回国后，其兄长、原厦门远华的执行董事曾明育得以假释回家，加上之前就已减刑出狱的弟弟曾明铁，厦门远华走私案的另一核心家族10年后得以再度聚首。”（摘自《大周末》等报刊——主编：张俊以）