大家对天珠是否入药不再怀疑，但对天珠的制作心存疑问，毕竟在科技非常发达的今天，仍无人能复原老天珠的制作工艺。北京有一藏医院的藏族医生，每次用残损天珠入药时，不是简单的用人工或机械法磨成粉沫，而是先进行消毒，这个过程需要一两天时间，如果是黑白分明的珠子，颜色会大为淡化。再配以特殊药水，两三天后会化成粘稠状的物质，这时天珠才可以配入其它药物之中。消毒和稠化过程，是非常保密的，只在密室制作。我们和他作为一般朋友，只能看到买好要入药的残天珠，只能看到消毒后的天珠和最终炮制出来的粘稠状的物质。举这个例子，主要是请广大天珠收藏爱好者进行逆向思考，在机詸n墒焓保熘榈墓欧ㄖ谱饕嗷蚩梢云埔耄芗虻ィ赡苁�“卤水点豆腐”式一物降一物的方法，配方材料在西藏当地肯定有，不一定是台湾香港珠商讲的、以及现代假天珠必须进行1400℃高温的烧制，这只是大胆猜想。
根据狄克逊氏的镶蚀玛瑙五类分类法,天珠的制作方法有型一及型二乃至三、四、五等分类。但藏区的藏民并不以此方法做分类，因藏民认为不同地区、年代及不同制法而有不同差别而已。此法乃是方便藏区以外之收藏家做区别之用。其制造方法步骤如下:
1．以型一天珠来说，是以碱水、白铅或洗涤碱等涂料，涂在未经处理的天然玛瑙上，加热一次即成。许多美索不达米亚及印度古珠，寿珠即是以此法制成。此种天珠再经过相当时日后，会逐渐褪色，大体需要数百年的时间。
2．型二天珠的制作方式，并无具体实证，因其实际制作方法已失传，当前仍无百分之百确定无误的说法。传说，型二至纯天珠是文殊菩萨从天洒下的宝石，或是住在地底的天珠虫硬化而成。目前比较科学的猜测是用碱水、白铅或洗涤碱涂在整块玛瑙上，加热使之白化后，根据图案设计涂上硝酸铜，然后再加热变成黑色图案，再经特别抛光程序后便大功告成。大部分型二天珠经历了数千年，颜色还是不易剥落，现在依然可以见其图案对比鲜明，这便是为何特别珍贵的缘故。许多好的型二天珠藏品也多落入欧美国家中，原因是近年来密宗在世界影响力日增，所以原本就不多的老天珠分散在全世界收藏家及博物馆中，因此难得一见，更显珍贵。
3．型三天珠是选取一颗打磨成珠型的天然玛瑙，涂上加热了之后可以形成黑色线条的一种涂料，然后再加热，其过程和型一天珠之制作方式相反，这种天珠在印度产量较多，年代也颇为久远。目前国内许多仿珠也是以此种方式制成，加上细度抛光，可以假型二天珠的样子，不可不察。
4．型四天珠也同等于至纯天珠，也是非常珍贵的，其制作的方法是将白化玛瑙用的涂料涂在玛瑙中间部分，其两端保留不做任何处理，加热后使中间便成白色，然后在白色的部分再涂上加热后形成黑色的涂料，再次加热，特殊抛光就成了型四天珠。
5．型五线珠同样可称为线珠，但制作方法不一样，同样是在两端不做处理，在中间部分同时涂上白化及黑化的物质进行加热，就能得到此种镶蚀玛瑙，但是这类线珠只有薄薄一层线条且有剥落的感觉，品质跟型四差很多，建议不收藏。
旁系或崩系：是指印度、尼泊尔、不丹等也是佛教圣地的天珠做法，或是比1300年前更早，或是型一、型二做法。一般人所知的都是西藏1300年前左右的做法，认为那个时候是技术最纯熟的时期。与2000多年前质地油润印度寿珠相类似的玛瑙质地珠子，归类于崩系天珠，如黑白珠、足球珠、红黑玉髓线珠等，以与藏系至纯天珠相区别。