当然它们的数量稀少除了它们繁殖的速度比较慢之外，还因为其独特的外形和几次奇葩事件而走红网络，使得其名字为大众所熟知。但是在其原本的栖息地，野生的鲸头鹳却面临着栖息地丧失和盗猎的威胁，目前的种群数量也不甚乐观，只有5000-8000只个体，在iucn评级上也被评为易危（VU）。虽然近年来人工饲养的鲸头鹳已经有了繁殖的记录，但是对于整个鲸头鹳的种群来说仍是九牛一毛。
鲸头鹳的婚姻方式
婚姻方式为一夫一妻制，雌雄二鸟在近水湿地的或小岛的芦苇草丛中用树枝和芦苇建巢，巢直径约为1-2米，可持续使用几年，鲸头鹳雌鸟参预雏鸟的繁殖和饲养。筑巢的周期持续大约6-7个月。卵污白色，鲸头鹳雌鸟每次产卵1-3枚，通常2枚，但常常只育活一只雏鸟。鲸头鹳的雌雄交替孵卵，孵化期约30天。
鲸头鹳，属于濒危物种
鲸头鹳的数量，南苏丹占总量的50%到80%，总数超过5000只;刚果民主共和国：少于1000只;赞比亚：少于500只;坦桑尼亚200-500只;乌干达100-150只;卢旺达超过50只;埃塞俄比亚50只;中非啦和国偶尔存在;布隆迪和马拉维数量未知，截止2002年估计总数在5000-8000只之间。整体数量急剧下降。国际鸟类保护联盟将其定为易危物种。危害的主要原因是农业灌溉造成栖息地遭破坏、干扰和捕猎。
这和渡渡鸟的灭绝方式还是有点相似。由于十分少见，非洲的许多国家都把鲸头鹳当作国宝赠送给世界各国的动物园，并发行邮票、货币来彰显本国独有的动物。在苏丹、中非啦和国、乌干达、卢旺达、扎伊尔和赞比亚对该物种提供法律保护，也涵盖在非洲的矿产和自然资源公约A类。
获救大鲸头鹳顽皮如狗狗喜欢亲近人类
这是暖人心田的时刻，这只名叫卡普特维的年轻雌鲸头鹳在小时候被赞比亚野生动物管理局的侦查员从偷猎者手里营救出来后，这是它第一次在该国班韦乌卢湿地自由展翅。卡普特维试一试它的翅膀，鲸头鹳的翼展超过1米重新放归野外后，这只高达4英尺(1.22米)的大鸟还充分利用它刚刚获得的自由，站到一棵高达45英尺(13.72米)的大树上，观察它周围的辽阔非洲沼泽地。
最终获得自由，卡普特维张开嘴巴，像是在仰天长啸。鲸头鹳站立时身高可达4英尺(1.22米)，偷猎者会偷走刚刚孵化出来的雏鸟，并把它们售给动物园和私人，每只售价高达2万美元。像小狗一样顽皮的卡普特维显然非常享受有人类朋友相伴左右。大学生摩根-特里姆贝尔捕捉到这只大鸟想要吃掉她的相机三脚架，以及偷蜋n缘粢桓鲇婷裢锏乃杏愕挠腥せ妗�
她说，事实上这只大鸟更像一只顽皮的小狗。正是这位摄影师拍摄了卡普特维最终被放归野外后的感人画面。鲸头鹳的翼展长达10英尺(3.05米)，靠在沼泽地里捕食生活。据悉它们会吃短吻鳄幼崽。尽管卡普特维非常喜欢人类，这可能正是它经常跟在摩根身后，观察她正在拍摄什么东西的原因，但是它最终确实学会了捕鱼的重要技能。