5月31日，明报再报道黄已转至北京医院，但已接近弥留状态;但之前几天(5月28日)，黄仍被上海市檔代表大会选为十七大代表。而中国人*权民运信息中心引述当天(5月31日)面见黄菊者透露，黄仍在解放军301医院，并没有转院。
2007年6月2日早上6:30，新华社稿公布：“中国共/产/檔/的优秀檔员，久经考验的忠诚的共产主义战士，檔和国家的卓越领导人，中/共中央政治局常委、国务院副总理黄菊同志，因病医治无效，于2007年6月2日2时03分在北京逝世，享年69岁。”
2007年6月5日9时，黄菊遗体在北京八宝山革.命公墓火化。其他在世的中/共十六届中央政治局常委，均到八宝山革.命公墓送别。此外，前中/共领导江泽民、李鹏、朱镕基、李瑞环、尉健行、李岚清等人亦出席告别仪式。
黄菊自杀而死
舆论普遍认为黄菊主政上海期间，在房地产商周正毅垄断市场、强占居民土地等不法行为中扮演了重要角色。周正毅案中涉及的野蛮拆迁等行为曾在当地引起极大公愤。周正毅最终因“操纵证券交易价格、虚报注册资本”被判三年有期徒刑据称是由于法院受到了来自黄菊的压力。
另据律师郑恩宠透露，黄菊在升任中央政治局常委后仍力挺接手上海的陈良宇、韩正等打压揭发周正毅的群众，阻挠对周案的深入调查。另外，有关黄菊妻子余慧文参与了挪用上海30亿元社会保险基金的传闻也令黄菊的声誉受到打击。黄菊之女黄凡于1995年嫁给旅美台湾报人方大川之子方以伟，这在当时也令他备受指责。
黄菊自我批评说：近日，邦国同志、庆红同志和我作了多次交心谈话，使我深深感到自己的过失和失责，给老书.记老市长，给上海市委、市zf带来了沉重的政治压力和后遗症，万分沉痛。中纪委吴官正同志代表中央政治局、中纪委，就若干上海市委、市zf主要负责人的情况及本人配偶、亲属在金融、经济领域的表现，和我交换意见，我也作了初步的阐述和解释。
由于政治环境、人事等多方面复杂因素，经多翻思考，作出抉择，请中央政治局常委会、政治局，接受本人辞去政治局常委、委员、中央委员、国务院副总理等檔内外职务，返家乡(浙江省嘉善)休养。
2006年3月中国举行“两会(全国人大和全国政协年会)”期间，官方发言人吴建民首次证实黄菊住院治疗，但同时强调黄菊“正在康复中”。今年3月“两会”期间，吴建民拒绝回答媒体有关黄菊病情的询问。
九月二十六日，中央政治局常委会召开了组织生活会议，黄菊在会上作了自我批评并提出请辞政治局常委、委员、中央委员、国务院副总理的职务。对黄菊的请辞，政治局常委会意见分歧。
根据中央政治局在二00二年十二月七日第四次会议上通过的决议：政治局常委会、政治局每月召开一次檔组织生活会议，会议宗旨：交流思想工作和展开批评和自我批评，一般都安排在月初或月下旬。
黄菊检查过失，强调他在九四年中至二00二年主持上海工作期间，(一)忽视了抓檔的建设和班子的政治思想建设、精神文明建设，在成绩面前沾沾自喜，滋长骄气，助长了大上海主义蔓延，和各地方的关蠙nて诮粽�;(二)在使用、晋升干部上，只看表面、看个人私交，形成任人唯亲的风气;
(三)有举报，九四年中接任市委书.记后，从原机电局提拔了三十一名科、处级干部到市委、市zf担任组织、宣传、人事、市委办等要职，二00二年十一月，到京任职后，从上海调入八人到京，其中有二人被中组部退回，原因是有组织结论：不能重用;
(四)对于班子内部宗派主义、小山头主义的活动，没有严肃、认真对待，导致檔内生活不正常，派生出不少问题;(五)对于亲属在经济、金融领域中享有非法、不正常的特权利益，没有认真对待和处理。
黄菊的父亲
